Gdzieś pomiędzy Windowsem Millenium, a jego następcą, czyli XP, pojawił się system hybrydowy oznaczony numerkiem 2000. System ten jest wielozadaniowym i wielowątkowym, 32-bitowym systemem opierającym się na jądrze NT. Powstały 4 wersje systemu, obsługujące 32 bitowe procesory, przeznaczone dla konkretnych grup użytkowych, choć bez wsparcia dla użytkowników domowych. Dodatkowo Microsoft wypuścił w późniejszym czasie także wersje dla 64 bitowych procesorów. System ten, jako hybryda, zawiera elementy systemu starej i nowej generacji, posiada usprawnioną administrację plików, usprawnione wsparcie dla osób niepełnosprawnych, posiada system szyfrowania plików jak i dynamicznego zarządzania dyskami. System wydany jako najbezpieczniejszy na rynku okazał się jednak pełen dziur i jeszcze w roku 2008 wychodziły do niego łatki usprawniające system zabezpieczeń. System posiada możliwość pracy zarówno na systemie FAT32 jak i NTSC, lepsze zabezpieczenia logowania, możliwość szyfrowania oraz kompresowania plików jak i większą bazę obsługiwanych urządzeń cyfrowych. Mimo iż był to system głównie biurowy, sprawdzał się także wystarczająco dobrze do grania dzięki obsłudze DirectX 9.0c, który jednak nie był instalowany od razu z systemem, ale był możliwy do pobrania za pomocą aktualizacji. Wymagania systemu to procesor 400 MHz, 128 MB RAM, 4 GB miejsca na dysku.
XP – pierwszy Windows, który naprawdę mocno stąpał po ziemi. Bezpośrednim następcą systemu Millenium przeznaczonym dla użytkowników tak domowych, jak i firm, był wydany 25 październik 2001 roku system nazwany Windows XP, który jako pierwszy system udostępniony do domowego użytku opierał się na jądrze Microsoft Windows NT, kończąc tym samym erę systemów z rodziny 9x. Nazwa pochodzi od słowa eXPerience, które oznacza doświadczenie. System pod nazwą XP jako pierwszy z linii produktów Microsoftu pojawił się w wersjach przystosowanych zarówno do procesorów jednordzeniowych, jak i w wersji dla dwurdzeniowych, która jednak ukazała się jedynie w języku angielskim. System wprowadzał wiele usprawnień, a oparcie go na kodzie NT i GUI Luna uczyniło go najbardziej stabilnym, a zarazem wydajnym Windowsem. W systemie zawarto także nową wersję Internet Explorer z numerkiem 6, Windows Media Player 8, a także zintegrowaną zaporę sieciową. Wśród nowych funkcji w systemie pojawiła się możliwość szybkiego przełączania użytkowników, możliwość nagrywania płyt CD poprzez wbudowany w system program, polepszenie jakości obrazu na LCD poprzez Clear Type, oczyszczanie pulpitu z nieużywanych skrótów, a także nowe, ulepszone Menu Start, grupujące programy według częstotliwości ich używania oraz grupowanie otwartych programów na Pasku Zadań. Do uruchomienia potrzeba procesora o taktowanie 300 MH, 28 MB RAM, 2 GB miejsca i adapter video Super VGA.

Windows 98 był bezpośrednim następcą Windowsa 95, pracującym podobnie jak poprzednik w systemie 32-bitowym i opierający się na systemie plików FAT32. Wypuszczono go na rynek 25 czerwca 1998 roku, czyli 3 lata po premierze poprzednika. Wprowadzał on ulepszona szatę graficzną oraz wprowadza i ulepsza obsługę USB, MMX oraz AGP oraz obsługę wielu monitorów w czasie rzeczywistym. Ulepszano także pulpit dodając możliwość uruchomienia go w funkcji Active Descop, upodobniającym go do strony internetowej. Po raz pierwszy udostępniono wszystkim użytkownikom bezpłatny dostęp do usługi Windows Update, pozwalającej na aktualizowanie systemu i zabezpieczeń. Wraz z systemem oddano użytkownikom nową wersję programu iNternet Explorer, możliwość dzielenia połączenia internetowego, obsługę napędów DVD-ROM i program NetMeeting. Mimo wielu luk w systemie utrudniających pracę z nim (w tym słynnego „niebieskiego ekranu”) system ten zyskał dużą popularność wśród użytkowników co zaowocowało przedłużeniem terminu wsparcia technicznego dla tej wersji aż do lipca 2006 roku. Wymagania systemu nie były wiele wyższe od poprzednika – potrzeba było procesora o taktowaniu 100 MHz, 32 MB RAM, 300 MB wolnego miejsca i karty grafiki z obsługą 256 kolorów – trzeba jednak przyznać, iż tym razem system ten oferował obsługę zdecydowanie lepszych i bardziej zaawansowanych programów jak i gier, co zdecydowanie zwiększyło ilość użytkowników tego systemu.
Windows 95 - pierwszy w pełni funkcjonalny system „Okienek”. 24 sierpnia 1995 roku na rynek wydano nową wersję systemu od Microsoftu, która kontynuując nazewnictwo z poprzednich odsłon ochrzczona została jako Windows 95. Był on bezpośrednią kontynuacją rodziny 3.0, a dokładnie systemu 3.11 o zdecydowanie ulepszonych właściwościach. Podobnie jak poprzednik posiadał znane już użytkownikom elementy taki jak Pulpit, Mój Komputer czy Pasek Zadań, a dodatkowo dołączano do niego przeglądarkę internetową Internet Explorer 4.0. Wymagania jakie musiał spełnić komputer aby uruchomić 95-kę były, parząc z perspektywy dzisiejszych czasów, naprawdę niewielkie – wystarczał 32-bitowy procesor Intela, 8 MB RAM, 50 MB miejsca na dysku i karta graficzna obsługująca 256 kolorów. W nowym systemie ulepszono zdecydowanie interfejs użytkownika, położono duży nacisk na wielozadaniowość i wielowątkowość systemu, ulepszono narzędzia multimedialne, wprowadzono Rejestr, a także system Plug and Play ułatwiający podłączanie nowych podzespołów i wprowadzono nowy system plików przyspieszający działanie dysku jakim był FAT32. Dodatkowo ulepszono jeszcze obsługę samego sprzętu, zwiększając szybkość pracy i reakcji sytemu oraz dodano obsługę nowego sytemu plików. Swój sukces Windows 95 zawdzięcza przede wszystkim kampanii reklamowej wspartej chociażby poprzez Rolling Stones. Jako ciekawostkę można dodać iż dopiero w 2002 roku zaprzestano udzielania pomocy technicznej dla tego systemu.